Аннотация. В статье представлен анализ особенностей функционирования особых экономических зон в России на современном этапе развития. В качестве объекта исследования выбраны портовые особые экономические зоны, представленные Мурманской, Ульяновской областями, а также Хабаровским краем. Указанные особые экономические зоны проанализированы с точки зрения их сходств и отличий по исходным условиям развития, целевым ориентирам, а также видам хозяйственной деятельности. В результате анализа указанных хозяйственных субъектов РФ выявлены проблемы и перспективы развития каждой из них. Определены направления совершенствования функционирования свободных экономических зон (институционального и экономического характера), которые могут быть внедрены в действительность посредством взаимодействия предпринимательского сектора с органами государственной власти и, соответственно, разрешения противоречий между их разнополярными интересами в рамках достижения общей цели – повышения эффективности деятельности части территорий обозначенных выше регионов. Данное обстоятельство рассмотрено с точки зрения их соответствия современным вызовам и угрозам, которые диктуются новыми хозяйственными реалиями, но вместе с тем открывают уникальные беспрецедентные возможности для их экспоненциального развития по уровню конкурентоспособности, устойчивости и безопасности.